根據賽事規則，2025賽季的U21聯賽共分為四個階段。分別是小組賽階段、預賽階段、晉級賽階段和決賽階段。小組賽六支排名第一的球隊和成績最好的兩個第二名，將進入G組，其他十一支球隊進入H組。預賽階段，G組將進行雙循環14輪比賽，H組進行單循環11輪比賽，G組的1到4名和H組的5到8名進入I組，G組的5到8名和H組的1到4名進入J組，H組的9到11名不再進入到下一階段。晉級賽階段，I組和J組進行單循環比賽共7輪比賽，前4名進入爭冠組，后4名進入9到16名的排位賽。決賽階段，爭冠組和排位組各自進行單循環共7輪比賽，決出相應名次。2025賽季U21聯賽冠軍將和中冠聯賽第四名爭奪一個中乙名額。